تُنظَّم أنشطة البحث العلمي والابتكار بجامعة الحسن الثاني بالدار البيضاء وفق البنية التالية:

• فريق البحث؛
• مختبر البحث؛
• المركز الموضوعاتي للبحث والابتكار (CTRI).

يُعَدّ فريق البحث الوحدة الأساسية المكوِّنة للمختبر، غير أنه لا يخضع للاعتماد الرسمي. أما المختبر والمركز الموضوعاتي للبحث والابتكار بجامعة الحسن الثاني فيتم اعتمادهما من طرف مجلس الجامعة (CU).

وتضم جامعة الحسن الثاني 99 مختبراً معتمداً للفترة 2025-2028، مكونة من أكثر من 400 فريق بحث. وتتوزع أنشطة البحث بالجامعة على 6 مجالات رئيسية:

1. الهندسة والعلوم التقنية : 47 مختبراً؛
2. العلوم الطبية : 10 مختبرات؛
3. الفنون والآداب والعلوم الإنسانية : 18 مختبراً؛
4. الاقتصاد والتسيير : 17 مختبراً؛
5. القانون : 6 مختبرات؛
6. علوم التربية : مختبر واحد.