تتوفر مدينة الابتكار ونقل التكنولوجيا على هيكل تنظيمي واضح وتشاركي، يضمن التماسك الاستراتيجي والكفاءة التشغيلية والتقييم المستمر:

• الإدارة : يقودها مدير مسؤول عن التنسيق العام.
• اللجنة التوجيهية : هيئة التوجيه الاستراتيجي.
• المجلس العلمي : هيئة استشارية للتوجيه الأكاديمي.
• مديرو المنصات : الإدارة الفنية والتنظيمية لفضاءات البحث.
• وحدة التقييم والتحسين المستمر : مراقبة الجودة والابتكار.
• الخدمات الإدارية والفنية : الدعم اللوجستي والتشغيلي.

تتولى لجنة البحث التابعة لمجلس الجامعة الإشراف العام.